嘉永6年(1853)ペリー提督率いるアメリカ艦隊(黒船)が来航し,翌年徳川幕府はアメリカと日米和親条約を結び，下田と箱館(明治2年から函館という文字になる)2つの港の開港を決定した。　開港に伴い,幕府は直接蝦夷地(明治2年北海道と変わるまでの呼び名)を治め開拓し,外国との応対をするために箱館奉行を置いて,奉行所を開くこととなった。箱館奉行が設置された当初,奉行所は函館山の麓にあったが,箱館の地が海から攻撃を受けるとひとたまりもないこと,外国人遊歩地として５里四方を許可したので函館山へ登ると市中の役宅などが一望でき,港から攻撃を受ける際に役宅などが一番に標的となることから箱館奉行所および支配向役宅,防備策として,台場の新築,模様替えを上申これが五稜郭の築造へつながっていった。

明治元年(1868)8月,品川沖を脱走した榎本武揚率いる旧幕府脱走軍艦隊が,同年 蝦夷地の鷲ノ木へ到着し,戊辰戦争最後の戦いとなる箱館戦争が開始された。12月15日,榎本武揚を総裁とする蝦夷地仮政権が樹立された。しかし,明治2年4月，乙部へ上陸した新政府軍の反撃が開始され、5月11日には明治新政府軍が箱館総攻撃を行うことになり、 脱走軍の最大の砦,弁天岬台場がほとんど壊滅状態となり,救援に向かった新撰組副長の土方歳三が一本木関門に入り,異国橋（現在の十字街電停付近）あたりで銃弾に撃たれ戦死する。5月12日からは，新政府軍の軍艦甲鉄など港内艦船からの砲撃が開始され,五稜郭からの砲撃は全く港湾まで届かなかったのに比べ,軍艦甲鉄の大砲は70ポンド施条砲という約４km以上砲弾が届く強力なものであったため,五稜郭内の奉行所庁舎の太鼓櫓に正確に命中,その後5月15日に弁天岬台場が降伏し千代ケ岡の陣屋で最後の戦いを挑むが,そのほとんどが戦死し壊滅の状態となり,この日をもって旧幕府脱走軍側の敗北が決することになった。そして,5月18日に榎本武揚以下の脱走軍が降伏するとこととなり,7か月に及んだ戦争が終結,五稜郭は新政府に明け渡されることになった。