善太と三平の兄弟は、自然の中で楽しい夏休みを過ごしていたが、父親が私文書偽造の嫌疑で警察に連れて行かれ、家族は苦境に陥る。家計を支える為、母親は働きに出る事になり、まだ幼く手のかかる三平は遠くの叔父の家に預けるられる。家族と離れ田舎での冒険に満ちた一週間を送る三平。手を焼いた叔母は母親の許へ帰すことにした。家財まで差し押さえられるという悲嘆のどん底にも関わらず、兄弟が明るく仲良く母親を励まし合う中で、父親の嫌疑がはれ、一家に明るい日々が甦る。

昭和15年の東京。家族と共に倹しくも幸せに暮らしていた野上佳代（吉永小百合）だが、反戦思想を持ったドイツ文学者の夫、滋（坂東三津五郎）が治安維持法違反で検挙されてから、その暮らしは一変する。不安と悲しみを募らせる野上家に、一筋の光として現れたのが、滋のかつての教え子である山崎徹（浅野忠信）だった。小さな出版社に勤める彼は、不器用だが優しい性格で長女・初子（志田未来）と次女・照美（佐藤未来）に親しまれ、“山ちゃん”の愛称で野上家に欠かせない存在となる。まもなく、滋がいつ帰れるか全く見通しが立たないため、佳代は小学校の代用教員として一家の家計を支え始める。帰宅すれば深夜まで家の雑事に追われる毎日の中、滋の妹の久子（檀れい）が時折手伝いにきてくれた。そして夏休みの間だけ、叔父の仙吉（笑福亭鶴瓶）が奈良から上京してくる。変わり者の仙吉は、デリカシーのない発言をして思春期を迎えた初子に嫌われてしまうが、その自由奔放な姿は佳代の心を癒した。昭和16年に入り、佳代の故郷・山口から、警察署長をしていた父・久太郎（中村梅之助）が上京してくる。思想犯となった滋との離婚を命じるためだが、佳代の心は少しも揺るがなかった。そしてその年の12月8日、ついに太平洋戦争が勃発。昭和17年に入り、滋が獄死。その悲しみに追い打ちをかけるように、山崎に赤紙が届く。3年後、ようやく終戦となるが、山崎は戦死。久子は故郷の広島で被爆して亡くなっていた。そして現在。美術教師となった照美（戸田恵子）は、初子が医師として勤める病院に入院している佳代の容態が悪化したと聞き、病院に駆けつける。そして病床の佳代は、「死んでからじゃなく、生きている父べえに会いたい」と悲痛な言葉を呟くのだった。

天保末期。老中・水野忠邦による改革の効なく、江戸下層階級の窮乏は更に激化していた。そんな中、若い泥棒・勇吉は、一家6人総出で働きづめ金を貯め込んでいるという噂のおかつの家に侵入する。ところが、おかつたちが貯めている金は、3年前、生活に困った挙げ句、仕事場の帳場から盗みを働いたおかつの長男・市太の大工仲間である源さんが牢から出て来た時に、新しい仕事の元手にする為のものだったのだ。そのことをおかつから聞かされた心根の優しい勇吉は、他人の為にそこまでやるおかつたちの気持ちに感動し何も盗らずに去ろうとするが、そのままおかつに引き留められ、彼女の5人の子供たちと一緒に暮らすことになる。やがて、おかつによって身元の証の書付まで用意して貰った勇吉は、市太の紹介で職にも就いた。「俺ァ、生みの親にもこんなにされたことがなかった」。ある日、勇吉は感謝の気持ちを口にした。しかし、それを聞いたおかつは声を震わせて怒鳴った。「子として親を悪く云うような人間は大嫌いだよ！」。その言葉に、一層、人間を心底愛するおかつの心を知った勇吉は、心の中でそっと呟いた。「かあちゃん」と。

夏のある日、ヘルシンキの街角に「かもめ食堂」という小さな食堂がオープンした。店主は日本人女性のサチエ（小林聡美）。献立はシンプルで美味しいものを、と考えるサチエは、メインメニューをおにぎりにした。しかし、客はなかなかやってこない。それでもサチエは毎日食器をぴかぴかに磨き、夕方になるとプールで泳ぎ、家に帰ると食事を作る。サチエは、毎日真面目にやっていれば、いつかお客さんはやってくると思っていた。そんなある日、ついに初めてのお客さんの青年トンミ（ヤルッコ・ニエミ）がやってきた。その日の夕方、サチエは書店のカフェで、難しい顔をして『ムーミン谷の夏まつり』を読んでいる日本人女性ミドリ（片桐はいり）に声をかける。フィンランドは初めてというミドリの話に何かを感じたサチエは、自分の家に泊まるようすすめる。そして、ミドリはかもめ食堂を手伝い始める。ある日、サチエがひとりで店番をしているかもめ食堂に、ひとりの中年男（マルック・ペルトラ）がふらりと入ってきた。訳ありげな佇まいの男は、美味しいコーヒーを入れるコツをサチエに伝授すると、またふらりと出て行く。そんな頃、またひとり、訳ありげな女性、マサコ（もたいまさこ）がヘルシンキのヴァンター空港に降り立った。スーツケースが運ばれてこないために、毎日空港へ確認に行かなければいけないマサコもまた、かもめ食堂を手伝うようになる。かもめ食堂は次第に人気が出はじめ、日々は穏やかに過ぎてゆくのだった。

中学三年の沼田茂之は高校受験を控えており、父の孝助、母の千賀子、兄の慎一たちまで、家中がピリピリしている。出来のいい慎一と違って、茂之は成績も悪く、今まで何人も家庭教師が来たが、誰もがすぐに辞めてしまうほどの先生泣かせの問題児でもある。そこへ、三流大学の七年生、吉本という男が新しく家庭教師として来ることになった。吉本はいつも植物図鑑を持ち歩き、海に近い沼田家に船でやって来る。最初の晩父の孝助は吉本を車の中に連れていくと、「茂之の成績を上げれば特別金を払おう」と話す。吉本は勉強ばかりか、喧嘩も教え、茂之の成績は少しずつ上がり始める。一方、慎一は、家庭教師を付けてもらい、両親の心配を集める茂之と違って、手がかからず、それだけに寂しそうだ。茂之は幼馴染みで同級生の土屋にいつもいじめられていたが、勉強のあと、屋上で殴り方を習っていた甲斐があってか、ある日の放課後、いつものように絡んでくる土屋をやっつけることが出来た。そして、茂之の成績はどんどん上がり、ついに兄と同じＡクラスの西武高校の合格ラインを越えてしまう。しかし、茂之はＢクラスの神宮高校を志望校として担任に届け出る。これに両親は怒り、志望校の変更を吉本に依頼する。吉本は学校に駆けつけると、茂之を呼び出し、担任の前に連れていくと、強引に変更させる。しかし、何故、西武高校に行きたくないのか、その疑問を慎一にぶつけた。慎一は秘密ということで、茂之は土屋と同じ高校に行きたくないのだと話す。それは、小学生の頃、授業中に茂之が大便をもらしてしまったことを土屋が知っているからだと言う。バカバカしい理由に吉本と慎一は大笑いする。土屋は私立高校に行くことになり、茂之は西武高校にみごと合格し、吉本の役目は終り、お祝いをすることになった。その席で、孝肋は、最近ヤル気を失くしている慎一の大学受験のための家庭教師になって欲しいと話す。しかし、一流大学の受験生に三流大学の学生が教えられるわけはないと吉本は断った。そして、吉本は大暴れをして食事は大混乱となるのだった……。

長崎港から六海里、東シナ海の怒濤を真っ向に受けて長崎湾を抱く防潮提のように海上に浮かぶ伊王島。民子はこの島に生まれ、貧しい島を出て博多の中華料理店に勤めていた。二十歳の民子を、風見精一が強奪するように、島に連れ戻り、教会で結婚式を挙げた。十年の歳月が流れ、剛、早苗が生まれた。炭坑夫として、精一、力の兄弟を育てた父の源造も、今では孫たちのいい祖父だった。精一には若い頃から、猫の額ほどの島を出て、北海道の開拓集落に入植して、酪農中心の牧場主になるという夢があったが、自分の会社が潰れたことを機会に、北海道の開拓村に住む、友人亮太の来道の勧めに応じる決心をする。桜がつぼみ、菜の花が満開の伊王島の春四月、丘の上にポツンと立つ精一の家から早苗を背負った民子、剛の手を引く源造、荷物を両手に持った精一が波止場に向かった。長崎通いの連絡船が、ゆっくり岸を離れ、最後のテープが風をはらんで海に切れる。見送りの人たちが豆粒ほどになり視界から消えても、家族はそれぞれの思いをこめて故郷の島を瞶めつづけた。やがて博多行急行列車に乗り込む。車窓からの桜の花が美しい。汽車の旅は人間を日常生活から解放する。自由な感慨が過去、現在、未来にわたり、民子、精一、源造の胸中を去来する。生まれて始めての大旅行に、はしゃぎ廻る剛。北九州を過ぎ、列車は本土へ。右手に瀬戸内海、そして徳山の大コンビナートが見えてくる。福山駅に弟力が出迎えていた。苛酷な冬と開拓の労苦を老いた源造にだけは負わせたくないと思い、力の家に預ける予定だったが、狭い2ＤＫではとても無理だった。寝苦しい夜が明け、家族五人はふたたび北海道へと旅立っていった。やがて新大阪駅に到着し、乗車する前の三時間を万博見物に当てることにした。しかし会場での大群集を見て、民子は呆然とし、疲労の余り卒倒しそうになる。結局入口だけで引返し、この旅の唯一の豪華版である新幹線に乗り込んだ。東京について早苗の容態が急変した。青森行の特急券をフイにして旅館に泊まるが、早苗のひきつけはますます激しくなり、やっと捜し当てた救急病院に馳け込む。だがすでに手遅れとなり早苗は死んでしまう。教会での葬儀が終え、上野での二日目が暮れようとしていた。なれない長旅の心労と愛児をなくした哀しみのために、民子、精一、源造の心は重く、暗かった。東北本線の沿線は、樹や草が枯れはてて、寒々とした風景だった。青函連絡船、室蘭本線、根室本線、そして銀世界の狩勝峠。いくつものトラブルを重ねながらも家族の旅はようやく終点の中標津に近づいていった。駅に着いた家族を出迎えたワゴンは開拓集落にと導いた。高校時代の親友、沢亮太との再会、ささやかな宴が張られた。翌朝、残雪の大平原と、遠く白くかすむ阿寒の山なみを見て、雄大、森閑、無人の一大パノラマに民子と精一は呆然と地平線を眺めあうばかりだった。夜更け、皆が寝しずまった頃、長旅の労苦がつのったためか、源造は眠るように生涯を終えた。早苗と源造の骨は根釧原野に埋葬された。やがて待ちこがれた六月が来た。果てしなく広がる牧草地は一面の新緑におおわれ、放牧の牛が草をはんでいる。民子も精一もすっかり陽焼けして健康そのものだった。名も知らぬ花が咲き乱れる丘の上には大小二つの十字架が立っていた。「ベルナルド風見源造」「マリア風見早苗」。